Ishinomori qua đời vì suy tim vào ngày 28 tháng 1 năm 1998, chỉ ba ngày sau sinh nhật lần thứ 60 của ông. Tác phẩm cuối cùng của ông là phim truyền hình siêu anh hùng tokusatsu - Voicelugger, được phát sóng một năm sau đó. Hai năm sau, Kamen Rider Series được hồi sinh cùng với Kamen Rider Kuuga. Tất cả các bộ phim được thực hiện trong thời kỳ Heisei đều coi Ishinomori như là người sáng tạo. Bảo tàng Manga Ishinomori được đặt tên để vinh danh ông được mở tại Ishinomaki, Miyagi vào năm 2001. Các đoàn tàu đặc biệt trong Senseki Line đã được đưa vào hoạt động với các tác phẩm nghệ thuật của ông trên đường dẫn đến bảo tàng.

Tác phẩm của ông đã được trao tặng Kỷ lục Guinness cho hầu hết các cuốn truyện tranh được xuất bản bởi một tác giả, tổng cộng hơn 128.000 trang trên 770 đầu sách trên 500 tập.[2]